Allah s.w.t Maha Mengetahui akan hambaNya yang menyesal dan mohon
ampun dariNya, maka Allah s.w.t pun menerima permintaan mereka, lalu
Niwana yang gelap bertukar menjadi cerah, binatang ternakan tidak lagi
dalam ketakutan dan mereka kembali tenang. Akhirnya mereka semua
kembali dengan bersyukur kepada Allah s.w.t yang telah menyelamatkan
mereka dari bahaya malapetaka. Nabi Yunus telah meninggalkan Niwana
membawa diri tanpa tujuan.
Baginda naik bukit turun bulit, naik gunung turun gunung dan akhirnya ia
sampai di pantai. Kebetulan pada masa itu dia melihat sebuah kapal
hendak belayar, maka dia pun menghampiri pemilik kapal itu untuk turut
serta belayar bersamanya. Setelah diberi keizinan maka Nabi Yunus
menumpang kapal tersebut. Dalam pelayaran itu, kapal yang ditumpangi
Nabi Yunus telah dilanda ribut taufan yang kuat.
Oleh itu kapten kapal telah memutuskan supaya barang yang dibawa
hendaklah dikurangkan. Ini termasuk penghuni kapal kapal tersebut. Satu
pengundian telah dibuat dan dalam undian tersebut Nabi Yunus dipilih
sebagai orang yang harus dibuang ke laut. Oleh sebab Nabi Yunus adalah
orang yang sangat dihormati dan disanjung, maka mereka mengadakan
pemilihan sekali lagi dan kali kedua Nabi Yunus tetap terpilih.
Maka mereka mengundi sekali lagi dan akhirnya Nabi Yunus tahu bahawa
ia adalah kehendak Allah. Nabi Yunus memikirkan kesalahannya kerana
meninggalkan Niwana tanpa mendapat persetujuan Allah. Ia berfikir
keputusan undi itu adalah disebabkan untuk menebus dosa yang telah
dilakukannya. Nabi Yunus beristikharah, tanpa ragu-ragu Nabi Yunus
terjun ke dalam laut yang sedang bergelombang ganas.
Ketika Nabi Yunus sedang berlawan dengan gelombang, maka Allah s.w.t
mengarahkan seekor ikan nun (yu) supaya menelan Nabi Yunus hidup-
hidup, maka ikan nun yang muncul itu pun menelan Nabi Yunus dan
menyimpannya dalam perut tanpa ada cacat-celanya. Ketika Nani Yunus
berada dalam perut ikan nun dia berdoa kepada Allah supaya
mengampuni dosa yang telah dilakukan. Lalu Nabi Yunus membaca doa:
"Tidak ada Tuhan yang benar di sembah hanya Engkau ya Allah, mahasuci
Engkau aku adalah orang yang membuat zalim atas diriku."
Maka Allah perkenankan permintaannya dan Allah lepaskan dia daripada
kedukaan. Demikianlah Allah selamatkan orang yang beriman. Rasulullah
bersabda maksudnya:
"Nama tuhan yang mulia, siapa yang berdoa dengan nama itu akan
diperkenankan doanya. Siapa yang meminta dengan nama itu, akan
diberi apa yang diucapkan oleh Nabi Yunus dalam perut ikan nun."
Firman Allah bermaksud "Jika tidak kerana dia (Nabi Yunus) daripada
orang yang selalu mengucapkan tasbih, nescaya tidaklah ia dapat
keluar dari perut ikan sampai hari kiamat."
Setelah beberapa lama Nabi Yunus berada dalam perut ikan nun, maka
Allah pun melemparkan Nabi Yunus ke darat. Di tempat Nabi Yunus
dilemparkan Allah menghidupkan pokok labu yang dapat Nabi Yunus
bernaung di bawahnya dan dapat pula ia makan buat tersebut dan
kembali segar. Ketika Nabi Yunus dilemparkan ke darat keadaannya amat
letih.
Setelah Nabi Yunus berasa segar kembali maka Allah telah
memerintahkannya supaya kembali ke Niwana. Nabi Yunus terkejut
kerana penduduk sedang menanti
kepulangannya. Penduduk tersebut meminta Nabi Yunus mengajar untuk
menyempurnakan akidah dan imam mereka. Nabi Yunus berasa hairan
kerana penduduk Niwana dahulunya terdiri daripada orang yang ingkar
dengan perintah Allah tetapi kini hidup dan mati mereka semata-mata
kerana Allah.